Суперкомпьютер blue waters позволил смоделировать структуру вич
Структура капсиды (протеиновой оболочки) ВИЧ — вируса, вызывающего СПИД, — была установлена благодаря моделированию на суперкомпьютере Blue Waters, передает издание Nature.
Использование высокопроизводительного суперкомпьютера для установления правильной структуры ВИЧ (СПИДа) окажет помощь искать новые методы лечения и добиться прорыва в борьбе со СПИДом (синдром купленного иммунодефицита).
Расчеты проводились исследователями Медицинской школы Университета Питтсбурга и сотрудниками Университета Иллинойса, где установлен петафлопный гибридный суперкомпьютер Blue Waters.
Правильная химическая структура протеиновой оболочки была смоделирована комплектом из 4 миллионов атомов, объединенных в пента- и гексагональные протеиновые цепочки. Общее число неповторимых протеинов составило около 1,3 тысячи. Расчет столь громадного количества взаимодействующих частиц за приемлемое время требует больших мощностей.
«Вычислительная мощность, использованная с целью проведения моделирования, стала рекордной за всю историю научных опытов — учитывалось сотрудничество 64 миллионов атомов», — сказал Клаус Шультен (Klaus Schulten), доктор физических наук Университета Иллинойса.
Компьютер Blue Waters изготовлен компанией Cray и относится ко второму поколению суперкомпьютеров. Он установлен в строении площадью 8,2 тысячи квадратных метров, машинный зал имеет площадь 1,9 тысячи квадратных метров. Совокупность складывается из комплекта вычислительных модулей Cray XE6 и XK7, и графических процессоров NVIDIA Tesla K20X.
Использование специальных графических процессоров для расчета физических процессов, а не только визуализации, разрешило существенно повысить мощность суперкомпьютеров в некоторых задачах.
Строительство суперкомпьютера Blue Waters обошлось в 188 миллионов долларов. Эксплуатация HPC-компьютера (High Performance Computing) началась в 2012 году. Он снабжает вычислительную мощность около 1 петафлоп на настоящих задачах, информирует Digit.ru ссылаясь на эти Национального центра применения суперкомпьютеров.
